По данным начальника отдела по теологии и методического обеспечения Службы по противодействию экстремизму и незаконной миграции МВД Эрлан Бакиев, в список наиболее распространенных в Кыргызстане запрещенных экстремистских течений относятся следующие:
- «Организация освобождения Восточного Туркестана»;
- «Исламское движение Восточного Туркестана»;
- «Исламская партия Туркестана» («Исламское движение Узбекистана», ИДУ);
- «Хизб-ут-Тахрир-аль-Ислами».
Данные организации признаны террористическими 20 августа 2003 года, их деятельность на территории Кыргызстана запрещена.
- «Аль-Каида»
- «Движение Талибан»
Эти организации попали под запрет решением Первомайского суда города Бишкек от 15 сентября 2006 года. Организации признали террористическими.
- «Курдский народный конгресс» («Конгра-Гель»)
- «Группа джихада» («Союз Исламского джихада»)
Решением Первомайского суда Бишкека от 11 июня 2008 года эти организации признаны террористическими организацией, их деятельность на территории КР запрещена.
«Церковь объединения» (секта Муна) попала под запрет решением Свердловского районного суда города Бишкека от 22 февраля 2012 года.
24 октября 2012 года по решению Первомайского райсуда Бишкека список пополнили еще четыре группировки;
- «Жайшуль Махди»;
- «Джундь-аль Халифат» («Джунд-аль Халифат»);
- «Ансаруллох» (Ансарул Аллах);
- «Ат-Такфир Валь-Хиджра» («Ат-Такфир ва-л-Хиджра»).
14 марта 2014 года Первомайский суд города Бишкек признал религиозное движение «Акромия» экстремистской организацией и запретил на территории КР. Кроме того, экстремистскими были признаны агитационно-пропагандистские материалы и пропагандистская деятельность Саида Бурятского.
В феврале-мае 2015 года по решению Октябрьского районного Бишкека и Ошского городского судов на территории Кыргызской Республики запретили деятельность следующих террористических и экстремистских группировок:
- ИГИЛ (ИГ);
- «Джабхат ан-Нусра»;
- «Катибат аль-Имам аль-Бухари» (Батальон Имама Бухари»);
- «Жаннат Ошиклари» («Поклонники рая»).
Решением Ошского городского суда от 17 марта 2016 года подразделение «Джамаат ат-Таухид валь-Джихад» также было признано террористической организацией, ее деятельность запретили на территории Кыргызстана.
